Paulista de São Carlos, no interior, ele era professor emérito da Universidade de São Paulo (USP) e ajudou a fundar o Centro Brasileiro de Análise e Planejamento (Cebrap), entidade de estudos sociais e de formulação de políticas que surgiu em 1969 e reunia opositores do regime militar.
Giannotti era um dos mais respeitados estudiosos da obra de Karl Marx no Brasil, autor de obras que se concentram na reflexão sobre o trabalho.
Após se mudar para a capital paulista com a família, decidiu ingressar na USP por influência do escritor Oswald de Andrade, que conheceu na adolescência.
Entre as décadas de 1950 e 1960 fundou o grupo “Seminários Marx”, que também tinha entre seus participantes historiadores, economistas, cientistas sociais, críticos literários e filósofos – entre eles Fernando Henrique Cardoso, Paul Singer, Ruth Cardoso e Roberto Schwarz, em diferentes gerações.
Presidiu o Cebrap de 1984 a 1990 e entre 1995 e 2001. Foi membro do Conselho Nacional de Educação (CNE) e de diversos conselhos deliberativos da área educacional e científica, como da Sociedade Brasileira de Pesquisa Científica (SBPC) e Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico (CNPq).
Publicou, entre outras obras, os livros Apresentação do mundo (1995), Certa herança marxista (2000), O jogo do belo e do feio (2005) e Lições de filosofia primeira (2011), todos pela Companhia das Letras.
Em nota, o Cebrap classificou o estudioso como “um dos maiores intelectuais brasileiros” e lamentou a morte.
“É com imensa tristeza que o Cebrap recebe a notícia do falecimento de um de seus fundadores, o prof. José Arthur Giannotti. Aos familiares e amigos que tiveram o privilégio de conviver com Giannotti, um dos maiores intelectuais brasileiros, nossas sinceras condolências”, diz a nota.
O sociólogo Sergio Abranches destacou a trajetória de Giannotti, que para ele foi “um dos maiores pensadores do Brasil”. “Vida longa dedicada ao pensamento”, escreveu Abranches.